Programi i Mjedisit në Kosovë monitorohet vazhdimisht nga katër auditime të ndryshme të kryera nga organe të pavarura. Auditimi i parë bëhet çdo vit nga Zyra Kombëtare e Auditimit e Kosovës (KNAO) që vlerëson progresin e projektit në bazë vjetore, duke filluar nga viti 2017 (pritet 4 Raporte të Auditimit). Auditi i dytë është kryer nga KPMG dhe monitoron, gjithashtu, mbi baza vjetore, aktivitetet e zbatuara dhe shpenzimet e paguara nga struktura e Ofruesit të Shërbimit. E treta është realizuar nga KPMG në emër të Sida, pasi KEP u zgjodh si një nga projektet botërore për tu monitoruar. E katërta është Rishikimi Afatmesëm i Programit që u finalizua nga Geoscope, një vit më vonë se sa pritej (qershor 2019 në vend të qershor 2018)
